رغم ما للتعليم الإلكتروني من مميزات إلا أن له عيوباً تحد من فعاليته أو تعيق استخدامه ومنها :
1ـ لا يركز التعليم الإلكتروني على كل الحواس، بل على حاستي السمع والبصرفقط دون بقية الحواس.
2ـ يحتاج التعليم الإلكتروني إلى إنشاء بنية تحتية من أجهزة ومعامل وخطوط اتصال بالإنترنت.
3ـ يتطلب تدريب مكثف لاعضاء هيئة التدريس والطلاب على استخدام التقنيات الحديثة قبل بداية تنفيذ التعليم الإلكتروني.
4ـ يحتاج إلى أعضاء هيئة تدرييس ذوي تأهيل عالٍ للتعامل مع المستحدثات التكنولوجية المستخدمة في هذا النوع من التعليم، كما يحتاج أيضا إلى هيئة إدارية مؤهلة للقيام بالعملية، وإلى ومتخصصين في إعداد وتصميم البرمجيات التعليمية.
4ـ يفتقر التعليم الإلكتروني إلى التواجد الإنساني والعلاقات الإنسانية بين المعلم والطلاب، والطلاب بعضهم البعض .
5ـ ينظر المجتمع في بعض الدول إلى أن خريجي نظام التعليم الإلكتروني أقل كفاءة.
عدم وضوح الأنظمة والطرق والأساليب التي يتم فيها التعليم بشكل واضح، وعدم البت في قضية الحوافز التشجيعية لبيئة التعليم الإلكتروني .
6ـ أكثر القائمين على التعليم الإلكتروني هم من المتخصصين في مجال التقنية، ولا يؤخذ برأي المتخصصين في المناهج والتربية والتعليم .
7ـ الخوف على الخصوصية والسرية للمعلومات الخاصة بالمحتوى أو الامتحانات من الاختراق .
الحاجة المستمرة لتدريب ودعم المتعلمين والإداريين في كافة المستويات لمتابعة الجديد في التقنية.
8ـ الحاجة إلى نشر محتويات على مستوى عال من الجودة، ذلك كون المنافسة عالمية.
ويمكن أن يضاف إلى ما ذكر ما يلي :
9ـ التركيز على التعلم من خلال التعليم الإلكتروني يضعف مهارات الكتابة والإملاء لدى الطلاب.
10ـ أن التعامل مع الأجهزة وطول الجلوس أمام الحاسب الآلي قد يكون له تأثيرات سلبية على صحة الطلاب.
11ـ أثبت البحث العلمي أن التعليم الإلكتروني قد يضعف الذكاء العاطفي للطالب.